Pilis 1%-a áll természeti védelem alatt. A természetvédelmi terület a Natura 2000 hálózathoz kapcsolódik. A Gerje valódi élő vízfolyás, mely a pilisi szőlőben bukkan fel, forrásaival és forrás eredetű mellékágakkal, biológiai folyosót képezve jut el a fő befogó Tiszáig. A vizes, üde, rétegnövényzet között Magyarországon egyedülálló orhídea fajta és Közép-Európa legnagyobb összefüggő éger erdeje található. Megtalálható még a védett vizi madarak közül a tőkésréce, vizityúk és a nádi sármány
A környék megkülönböztetett természeti értéke a lápi tőzeges területen a Gerje -patak forrásvidéke, mely az igen ritka síkvidéki források egyike.
A Tisza folyó vízgyűjtő területéhez tartozó Gerje patak a pilisi forrásoknál ered. A Gerje valódi vízfolyás, mely a pilisi „Csilló lovarda” mellett bukkan elő forrásaival, és forrás eredetű mellékágakkal, biológiai folyosót képezve jut el a főbefogó Tiszáig.
A vizes, üde, rétegnövényzet között Magyarországon egyedülálló orhídea fajta és Közép-Európa legnagyobb összefüggő éger erdeje található. Megtalálható még a védett vízi madarak közül a tőkésréce, vízityúk és a nádi sármány
